与其他性病一样，非淋菌性尿道炎主要发生在发生于成年性旺盛期，25岁以下的患者占患者总数量的占0%。从上个世界60年代开始，随着人们性观念不断转变，性解放活动等文化导致非特异性尿道炎发病率骤增，这种疾病在欧美国家已超过淋病居性传播疾患发病率的首位。80年代每年患上非淋菌性尿道炎的患者的数量达300-1000万人。

通常被称为非淋菌性尿道的是指衣原体(占40%-50%)、支原体(占20%-30%)及一些尚不明致病病原体的尿道炎，因此衣原体和支原体都是非淋菌性尿道炎的主要病因。衣原体是一种寄附于腺上皮细胞胞浆内的微生物。呈球型，有特殊的生长周期。每个生长周期有两种发育型。这种病菌可以通过常用的培养方法通过尿道分泌物进行培养，这种原体可以在细胞外生存，且具有一定的感染性。当其附着在易感细胞表面时，被细胞吞饮，在细胞内原体变成另一种繁殖型。繁殖型即始体呈圆形或椭圆形。始体按二分裂方式繁殖，最后始体重新组织成原体，从细胞内释放出来，再感染其他健康易感细胞。整个生长周期为72h。 衣原体分类：1、鹦鹉热衣原体。2、沙眼衣原体，沙眼衣原体至少有15个血清型。D-K8种血清型与NGU有关。L1、L2、L33个型与性病性淋巴肉芽肿(第四性病)有关。

而支原体主要有两种-----分解尿素支原体和人型支原体，分解尿素支原体是是一种原核微生物。它能够生成尿素分解酶从而可以分解尿素。形态呈球杆状。由于其缺乏坚硬的细胞膜，因此青霉素抑制的效果不大，但四环素、红霉素、壮观霉素群能够有效抑制。科学家从人类泌尿生殖道分离出来7种支原体，其中分离率较高而与泌尿生殖道疾病有关，是分解尿素支原体，其次是人型支原体。婴儿或无发生性行为的女性生殖道内找不到分解尿素支原体。但性生活越多且混乱，则支原体阳性率也越高。Mc Donald在 1982年报告587例急性尿道炎症状病人中，就有209例(36%)中段尿中分离出分解尿素支原体。

人型支原体不适合在外界环境生存，在5℃的环境下15分钟即可被杀死。使用肥皂、酒精、四环素、红霉素敏感都可以将其消灭。但衣原体除了会导致患上尿道炎、眼结膜炎外，还可诱发其他生殖器官炎症，如附睾炎、前裂腺炎、宫颈炎、阴道炎、输卵管炎及盆腔炎等。新生儿通过感染的产道可诱发眼结膜炎、肺炎。男性同性恋者可诱发直肠炎及咽炎。