小儿淋巴肉芽肿可以分为早、中、晚三个时期，不同的时期症状也有所不同。

小儿淋巴肉芽肿早期症状表现为生殖器初疮，男性主要发生在冠状沟、包皮内侧、尿道口等部位，女性主要发生在宫颈、阴道、大小阴唇等部位。潜伏期之后，大约5%~20%的患者会出现各种症状，皮损起初是针尖般大小的丘疹或者是脓疱，随后可迅速形成糜烂或溃疡。

中期的时候男性患者会出现腹股沟淋巴结肿大，这种肿大约1/3为单侧，2/3为双侧，起初的肿大淋巴结质地坚硬，呈散在、孤立分布，可有疼痛以及触痛感，后期可融合成不规则形状的肿块，呈鸡蛋大小或者是更大，可与周围组织粘连，表面皮肤为青紫色或是紫红色。

而晚期会发生阴部象皮肿与直肠狭窄，其中前者主要发生在男性阴茎与阴囊部位，女性阴蒂与阴唇等处，表现为厚实的肿块。而后者主要是直肠炎与直肠周围炎所形成的疤痕并收缩所致，可导致患者出现腹部绞痛、排便困难等症状，女性患者还会因为组织遭到破坏而发生直肠阴道瘘、肛门周围瘘或者是阴道尿道瘘。